主要职责包括：
（一）贯彻执行国家和省市食品药品监督管理工作的方针、政策和法律、法规；拟订全县药品、医疗器械、消费环节食品安全监督管理和保健食品、化妆品卫生监督管理的政策措施和规划并组织实施。
（二）负责消费环节食品卫生许可和食品安全监督管理。
（三）负责监督实施消费环节食品安全管理规范；开展消费环节食品安全状况调查和监测，发布与消费环节食品安全监管有关的信息。（四）按规定负责保健食品、化妆品的卫生监督管理工作。
（五）负责药品、医疗器械行政监督和技术监督，负责监督实施药品和医疗器械研制、生产、流通、使用方面的质量管理规范。
（六）负责组织开展药品不良反应、医疗器械不良事件和药物滥用监测；配合有关部门实施国家基本药物制度；负责组织实施国家关于处方药和非处方药分类管理制度。
（七）负责组织实施中药、民族药监督管理规范，监督实施中药材生产质量管理规范、中药饮片炮制规范；依法实施中药品种保护制度。
（八）负责监督检验生产、经营企业和医疗机构的药品、医疗器械质量；负责监督管理医疗用毒性药品、麻醉药品、精神药品、放射性药品、药品类易制毒化学品和药源性兴奋剂；发布药品、医疗器械质量监管信息。
（九）负责组织查处消费环节食品安全和药品、医疗器械、化妆品等的研制、生产、流通、使用方面的违法行为。
（十）负责组织指导和监督全县药品、医疗器械、消费环节食品安全监督管理和化妆品卫生监督管理。
（十一）开展与食品药品监督管理有关的交流与合作。
（十二）承办县政府、市局交办的其他事项。